Polski wiolonczelista, solista i kameralista. Wykonuje muzykę od renesansu po dzieła najnowsze, improwizuje, aranżuje i komponuje. Zapraszany do udziału w prestiżowych festiwalach muzycznych – BBC Proms w Londynie, Progetto Martha Argerich w Lugano oraz Chopin i Jego Europa w Warszawie.
Wystąpił jako solista na estradach wielu renomowanych sal, m.in. Carnegie Hall w Nowym Jorku, Konzerthaus w Berlinie, Cadogan Hall w Londynie i Rudolfinum w Pradze. Wielokrotnie partnerowały mu znakomite zespoły – m.in. Orkiestra Symfoniczna Filharmonii Narodowej w Warszawie, Orkiestrą Kameralną Unii Europejskiej, City of London Sinfonia, Orkiestrą Sinfonia Varsovia i City of London Sinfonia, a także wybitni dyrygenci – np. Andrzej Boreyko, Antoni Wit i Andres Mustonen. Ważną rolę w jego życiu artystycznym odgrywa współpraca z inspirującymi muzykami, m.in. z Nelsonem Goenerem, Gerardem Causse, Krzysztofem Jabłońskim, Krzysztofem Jakowiczem, Rafałem Blechaczem i Bomsori Kim. W ramach festiwalu Chamber Music Connects the World miał przywilej koncertować wspólnie z Gidonem Kremerem i Yuri Bashmetem.
Był wielokrotnie nagradzany na międzynarodowych konkursach i festiwalach muzycznych.
W 2007 roku został laureatem I nagrody, Grand Prix oraz 9 innych nagród w VI Międzynarodowym Konkursie Wiolonczelowym im. Witolda Lutosławskiego w Warszawie. W 2008 roku reprezentował Polskie Radio w Bratysławie na Międzynarodowym Forum Młodych Wykonawców organizowanym przez Europejską Unię Radiową (EBU) zwyciężając i zdobywając tytuł New Talent 2008. W 2009 roku otrzymał nagrodę Gwarancja Kultury przyznaną przez TVP Kultura.
W czerwcu 2009 roku ukazała się debiutancka płyta Marcina Zdunika zrealizowana z udziałem Orkiestry Kameralnej Wratislavia, pod kierownictwem Jana Staniendy, zawierająca m.in. nagrania dwóch koncertów wiolonczelowych J.Haydna. Za płytę tę otrzymał nagrodę Fryderyk 2010. Zdunik na płyty nagrał także również komplet utworów na wiolonczelę i fortepian Roberta Schumanna (z pianistką Aleksandrą Świgut; NIFC 2014), „Fantazję na wiolonczelę i orkiestrę” M.Weinberga (z Orkiestrą Sinfonia Varsiovia pod dyr. A.Mustonena; TWON 2015).
Kolejny, dwupłytowy album Marcina Zdunika Bach Stories zawierający m.in. autorskie improwizacje na temat kompozycji Bacha został nagrany przy współudziale pianisty Aleksandra Dębicza i wydany nakładem firmy Warner Classics.
W albumie wydanym w roku 2019 przez wydawnictwo CD Accord znalazły się nagrania dokonane w duecie ze skrzypaczką Marią Sławek: inwencjedwugłosowe J.S. Bacha we własnym opracowaniu na skrzypce i wiolonczelę oraz utwory S.Gubajduliny i K.Pendereckiego.
Artysta ma ponadto w swoim dorobku szereg płytowych nagrań kameralnych, dokonał też wielu nagrań dla Polskiego Radia i Telewizji oraz dla Radia Słowackiego.
Marcin Zdunik kształcił się pod kierunkiem wybitnych muzyków – Andrzeja Bauera (uzyskując dyplom Uniwersytetu Muzycznego Fryderyka Chopina w Warszawie i medal Magna cum Laude), i Juliusa Bergera (Leopold Mozart Zentrum, Augsburg).Wiedzę muzykologiczną zgłębiał podczas studiów w Instytucie Muzykologii Uniwersytetu Warszawskiego pod kierunkiem prof. Szymona Paczkowskiego. Praca magisterska "Bach w poszukiwaniu ideału. Cztery wersje Pasji Janowej BWV 245" otrzymała pierwszą nagrodę w konkursie im. Zofii Lissy.
Marcin Zdunik jest laureatem Stypendium dla wybitnych młodych naukowców przyznawanego przez Ministerstwo Nauki i Szkolnictwa Wyższego (2016-2019).
Artysta prowadzi klasy wiolonczeli w Akademii Muzycznej w Gdańsku i w Uniwersytecie Muzycznym Fryderyka Chopina w Warszawie.
W kwietniu 2021 otrzymał tytuł profesora sztuki w dyscyplinie sztuki muzyczne.
W roku 2020 otrzymał przyznaną przez Ministra Kultury i Dziedzictwa Narodowego odznakę honorową Zasłużony dla Kultury Polskiej.